五常大米的歷史可以追溯到唐初渤海國時期（7世紀中葉），當時五常境內就有農民種植水稻。
清乾隆十年（1745年），清政府指派1000戶親族旗人到五常拉林地區(qū)屯墾戍邊。清道光十五年（1835年），吉林將軍富俊征集部分朝鮮人在五常一帶引河水種稻，所收獲稻子用石碾碾制成大米，封為貢米，專送京城，供皇室享用。咸豐四年（1854年），清政府在當地設立了“舉仁、由義、崇禮、尚智、誠信”五個甲社，以“三綱五?！敝小叭省⒘x、禮、智、信”五常為名，稱此地為五常，后又派旗官協(xié)領五常，設衙建堡，1909年設五常府，故五常大米素有“千年水稻，百年貢米”之譽。
新中國成立后，五常市水稻種植面積不斷擴大，單位產量不斷提高，水稻的栽培技術形成了特有的“五常模式”，并聞名省內外。
20世紀50年代，五常的水稻面積已經達到近10萬畝，并逐漸成為中國水稻生產第一縣。
20世紀90年代起，五常就培育了適合本區(qū)域種植的五優(yōu)稻、松粳等系列的稻種，并采用了具有五常特色的一段超旱育苗及大棚旱育苗栽培技術。1993年，黑龍江省五常市龍鳳山鄉(xiāng)農業(yè)技術推廣站站長田永太在田里發(fā)現(xiàn)一株有12棵穗的稻子，用它作種子，種了十二壟稻子，當稻子快要成熟時，風吹稻田就會飄出撲鼻的香味，因此取名為“稻花香”，是百萬分之一變異的優(yōu)良水稻種子。五常人田里種的水稻十有八九是田永太培育的“稻花香二號”。
2006年4月，水稻雜交之父袁隆平到哈爾濱五常市考察。
2013年，五常市申報了國家級農業(yè)綜合標準化示范市項目，并獲批準。
2014年，五常市申報了“五常大米”地理標志全國知名品牌創(chuàng)建示范區(qū)，2015年獲得國家質檢總局批準，全國知名品牌示范區(qū)具有排他性，五常成為全國大米類地理標志保護產品中唯一的品牌示范區(qū)。同年“五常大米”被中國地理標志大典收錄，國家質檢總局將五常大米與歐盟進行了地理標志產品標準互換，為五常大米進入歐美市場搭建了新平臺。
2018年12月07日，為進一步凈化五常大米營銷環(huán)境，保護消費者的合法權益，五常市市場監(jiān)督管理局局長耿軍公布了《五常大米專項整治行動工作實施方案》》，五常市大米協(xié)會有關負責人宣讀了保護五常大米品牌倡議書。